Nach dem 30-jährigen Krieg, während dem die Kaplanei Wassermungenau von Windsbach aus durch Pfarrer Christophori betreut wird, geht eine Bitte an das markgräfliche Oberamt Windsbach um einen eigenen Kaplan; diese Bitte wird aber aus Geldmangel abgelehnt. Im Bericht der Windsbacher an den Markgrafen in Ansbach ist zu lesen: Wegen des schlechten Zustandes ihres Pfarrhauses (in dem kein Gemach mehr bewohnbar sei) und fehlender Mittel sei daran nicht zu denken. Auch mehrere angesehene Bürger (Markus Linck, die Gastgeber Freyding und Vischer) werden im Dekanat Schwabach vorstellig (Protokoll vom 6.5.1655).
1658 wird endlich die Kaplanei Wassermungenau mit Friedrich Reinhardt aus Neustadt/Aisch besetzt, wo er auch wohnen solle, nicht als Kaplan von Windsbach, da diese ihn nicht bezahlen können. So werden Zuschüsse an die hiesige Gemeinde versprochen. Der Gastwirt und „Materialist“ Sixt Buchner, Eichstätter Wirt zum „Stern“, sagt zum Unterhalt 16 Gulden zu, die Gemeinde samt eingepfarrten Orten (ohne Winkelhaid und Untereschenbach) weitere 16 Gulden, bis der Kaplanei Intraden Einnahmen aus Gebühren und Pachten aus eigenen Grundstücken sich bessern. Auch Wohnung will Gastwirt Buchner stellen. Auf vielerlei Anfeindungen und Zerwürfnisse mit der Pfarrei Windsbach und des andauernden Streits mit dem trunksüchtigen, abergläubischen Schulmeister Beckh gibt Kaplan Reinhardt nach nur neun Monaten - nachdem er inzwischen beim Gastwirt und Metzger Tobias Neber („Goldenes Lamm“) logiert - die Kaplanstelle wieder auf. Von 1659 bis 1729 wird die Kaplanei wieder von Windsbach aus verwest. 1729 wird Wassermungenau zur eigenständigen Pfarrei erhoben, die Filialkirchen Winkelhaid und Untereschenbach der Pfarrei Wassermungenau zugeschlagen, das markgräfliche Pfarrhaus errichtet und mit einem eigenen Pfarrer besetzt.
Ein schwerer Verlust für die Kirchengemeinde und die Chronik ist die Vernichtung der Pfarrbücher vor 1685 (nachgetragen bis 1692 soweit möglich), durch den Pfarrhausbrand 1692 in Windsbach. Vor allem die vielen Exulanten aus Oberösterreich können so nur unvollständig erfasst werden.